Em um futuro próximo, um meteorito cai carregando um vírus estrangeiros no Japão, levando uma infecção devastadora em todo o país e a anarquia total. Uma organização internacional conhecida como GHQ com a lei marcial e restaura a ordem para o Japão ao custo de sua independência. Este incidente torna-se conhecido como o Natal Perdido. Dez anos depois, em 2039, Ouma Shuu - um adolescente com uma habilidade especial despertado pelo vírus Apocalypse - atende Yuzuriha Inori , uma menina estranha que o incita a aderir à luta contra as forças de robótica da organização governamental e uma sociedade secreta cujo objetivo permanece envolta em mistério.